HLA基因分区，分为A、Ⅰ类基因区B、Ⅰ类、Ⅱ类基因区C、Ⅰ类、Ⅱ类、Ⅲ类基因区D、Ⅰ类、Ⅱ类、Ⅲ类、Ⅳ类基因区E、Ⅰ类、Ⅱ类、Ⅲ类、Ⅳ类、Ⅴ类基因区

机体对某种抗原物质是否产生免疫应答以及应答的强弱程度是受遗传控制的，控制免疫应答的基因主要有两类：一是编码直接识别抗原分子的基因，如免疫球蛋白基因和T细胞抗原受体基因等；二是编码调控免疫应答分子的基因，存在于MHC基因群中，主要包括控制免疫细胞间相互作用的基因和控制机体对特定抗原发生免疫应答能力的基因，后者又称为免疫应答基因(Irgene)。小鼠Ir基因位于H2-Ⅰ区内，人的Ⅰr基因位于HLA-Ⅱ类基因区内，由于HLA-Ⅱ类基因编码分子的多肽结合部位构型各异，故与不同抗原多肽结合并刺激Th细胞的能力也不相同，由此实现Ⅰr基因对免疫应答的遗传控制，即具有不同MHCⅡ类等位基因的个体，对特定抗原的免疫应答能力各不相同。