转录起始复合物指的是A、RNA聚合酶核心酶－DNA－pppGpN′－OHB、RNA聚合酶核心酶－DNA－引物－pppGpN′－OHC、RNA聚合酶全酶－DNA－引物－pppGpN′－OHD、RNA聚合酶全酶－DNA－pppGpN′－OHE、亚基－DNA－pppGpN′－OH

大多数原核生物RNA聚合酶的组成是相同的，大肠杆菌RNA聚合酶由2个α亚基、一个β亚基、一个β′亚基和一个ω亚基组成，称为核心酶。加上一个σ亚基后则成为聚合酶全酶，相对分子质量为4.65×105.研究发现，由β和β′亚基组成了聚合酶的催化中心，它们在序列上与真核生物RNA聚合酶的两个大亚基有同源性。β亚基能与模板DNA、新生RNA链及核苷酸底物相结合。
σ因子可以极大地提高RNA聚合酶对启动子区DNA序列的亲和力，加入σ因子以后，RNA聚合酶全酶识别启动子序列的特异性总共提高了107倍。σ因子的作用是负责模板链的选择和转录的起始，转录的起始从化学过程来看是单个核苷酸与开链启动子-酶复合物相结合构成新生RNA的5′端，再以磷酸二酯键的形式与第二个核苷酸相结合，起始的终止反映在σ因子的释放。过去认为二核苷酸的形成就是转录起始的终止，实际上，只有当新生RNA链达到6-9个核苷酸时才能形成稳定的酶-DNA-RNA三元复合物，才释放σ因子，转录进入延伸期。

大多数原核生物RNA聚合酶的组成是相同的，大肠杆菌RNA聚合酶由2个α亚基、一个β亚基、一个β′亚基和一个ω亚基组成，称为核心酶。加上一个σ亚基后则成为聚合酶全酶，相对分子质量为4.65×105.研究发现，由β和β′亚基组成了聚合酶的催化中心，它们在序列上与真核生物RNA聚合酶的两个大亚基有同源性。β亚基能与模板DNA、新生RNA链及核苷酸底物相结合。
σ因子可以极大地提高RNA聚合酶对启动子区DNA序列的亲和力，加入σ因子以后，RNA聚合酶全酶识别启动子序列的特异性总共提高了107倍。σ因子的作用是负责模板链的选择和转录的起始，转录的起始从化学过程来看是单个核苷酸与开链启动子-酶复合物相结合构成新生RNA的5′端，再以磷酸二酯键的形式与第二个核苷酸相结合，起始的终止反映在σ因子的释放。过去认为二核苷酸的形成就是转录起始的终止，实际上，只有当新生RNA链达到6-9个核苷酸时才能形成稳定的酶-DNA-RNA三元复合物，才释放σ因子，转录进入延伸期。